Das am häufigsten angeflogene Ziel vom Flughafen Paderborn/Lippstadt ist der Flughafen Frankfurt. Diese Strecke wird zweimal täglich von der Lufthansa bedient. Der Flughafen dient in erster Linie vor allem dem regionalen Linienflugverkehr. Weitere häufig frequentierte Reisedestinationen sind u. a. Antalya, Gran Canaria, Graz, Heraklion, Hurghada, München, Mallorca, Wien und Zürich.